Le Centre LGBTQI+ de Paris et d'Île-de-France est une association gouvernée par ses adhérent·es se réunissant une fois par an en Assemblée Générale. À cette occasion, un Conseil d'Administration (CA) est élu, constitué à parité (l'un des corps ne peut représenter plus de 60% des membres) de personnes physiques et morales (associations). Le CA élit ensuite un Bureau, composé à minima d'un·e Président·e, d'un·e Trésorier·ère et d'un·e Secrétaire Général·e, et chargé de la gestion du Centre et de la mise en place au quotidien de la feuille de route votée en AG.
Au quotidien, le Centre ouvre et œuvre à ses missions grâce à l'implication indispensable de ses plus de 80 bénévoles.